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Affymetrix SNP解析

  1. 受託解析内容
  2. データ解析例

受託解析内容

 

概要 / 特徴

■ 概要

 本受託解析は、RNAサンプル又は対象組織や細胞を本機構にお送りいただくだけで、gDNAを抽出し、精度の高いSNP Array 6.0のデータをお客様にお返しします。

  • CERIはAffymetrix社の公認プロバイダとしてGeneChipRアレイ受託解析を行っています。
    CERIはAffymetrix社の公認プロバイダとしてGeneChipRアレイ受託解析を行っています。
■ 特徴
  • 906,600種類以上のSNPプローブ
    -482,000のSNPを偏りなく選択、SNP Array 5.0から受け継がれたSNP
    -424,000追加SNPの選択
    -タグSNP
    -X、Y染色体からのSNP
    -ミトコンドリアSNP
    -dbSNPデータベースに追加された新しいSNP
    -組換え多発部位のSNP
  • 946,000種類以上のコピー数プローブ
    -Tronto Database of Genomic VariantsからのCNV領域5,677ヵ所をターゲットとする202,000のプローブ
    -ゲノム全体に均等に配置された744,000のプローブ
    -他のSNP/コピー数解析プラットフォームに比べ、約10倍のコピー数変化を検出可能
    -Non-polymorphic プローブを搭載した唯一のプラットフォーム(CNPのカバーは約3倍)
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サービス内容

 以下のような流れで受託解析を実施します。基本メニューとしてはお客様からtotal RNAをご送付いただくことからスタートします。

  • 受託解析の流れ
    受託解析の流れ
RNA品質検定
  • 微量分光光度計によるgDNA濃度の測定
  • アガロース電気泳動によるgDNA分解度の確認
マイクロアレイ実験
  • ラベル化gDNAの合成
  • ラベル化gDNAの濃度確認
  • SNP Array 6.0とのハイブリダイゼーション
  • 洗浄/染色/スキャニング
データ解析
  • 数値化、簡易解析(変動遺伝子リスト作成)
  • データマイニング(オプションとして様々なメニューをご用意しています)
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納品物 / 納期

 報告書(印刷物)以外に、以下のデータを電子ファイルとして納品します。なお、報告書には方法、結果(考察)を含みます。

納品物 (1)解析結果報告書(ハードコピー) 
(2)gDNA電気泳動図(Wordファイル)
(3)画像データ(TIFFファイル)
(4)数値化データ(Textファイル)
(5)QCレポート結果(Textファイル)
納期 約4週間(サンプル受領から)
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サンプル

 以下の条件に合ったtotal RNAサンプルをご準備ください。

種類  genome DNA(カラムフィルターで精製)
サンプル量 1 μg以上
濃度 25 ng/μL以上(推奨;100 ng/μL以上)
溶媒 TE buffer
A260/A280 1.8以上
A260/A230 1.5以上
品質 電気泳動;シャープな1本のピークであること

*基本的にサンプルは返却しませんので、必要量をお送りください。
*上記基準に満たない場合はご相談ください。
*ヒト臨床サンプルの場合、HIV、HCV等感染性のあるサンプルは受領できません。
*組織・細胞等からのgenome DNA精製も承ります。お気軽にお問い合わせください。

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価格

 本解析の価格に関しましては、本機構までお問い合わせください。

 お問い合わせ先はこちら

お申し込み方法

  • ご依頼の目的など、こちらのフォームより可能な限り詳しくお知らせください。具体的な解析内容については、お客様とご相談の上決定させていただきますので、お気軽にお問い合わせください。
  • その他一般的なご依頼・ご相談手順についてはこちらをご覧ください。
  • ご相談の内容に基づき、費用・納期等をお知らせします。
  • お見積り内容にご承諾いただけましたら、契約手続きに入らせていただきます。
  • その後、サンプルを本機構までご送付ください。サンプルの送付方法についてはこちらを参考にしてください。
    なお、土日祝祭日はサンプルの受け取りができませんので、平日の9時から17時に本機構着となりますように、冷凍(ドライアイス同梱)にてお送りください。
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反応の流れ(検出原理)

 genome DNAを2つに分け、Nspl及びStylで個別に制限酵素切断します。各制限酵素サイトに相同的であり、且つ4 bpほど長いアダプターをgDNA断片の3’, 5’末端にライゲーションします。アダプターに相同的なプライマーを加え、T4 DNA polymeraseの働きにより、DNA断片を増幅します。増幅したgDNAはハイブリダイズのためさらに断片化して、ラベリングし、ハイブリダイズに供します。SNP Array 6.0では2種類の制限酵素を用いて断片化したgDNAを同時に測定することで、SNPsを広く検出できるようにしています。

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測定可能なアレイ(2011年1月現在)

表 DNA Analysis Solutions 一覧(Affymetrix社HP「Copy Number Analysis」より)
動物
生物種 学名 アレイ
ヒト Homo Sapiens Genome-Wide Human SNP Array 6.0