業務案内

  1. Home
  2. 業務案内
  3. オミクス解析
  4. Affymetrix 遺伝子発現解析

Affymetrix 遺伝子発現解析

受託解析内容(3‘IVT)

 

概要 / 特徴

■概要

 本受託解析は、RNAサンプル又は対象組織や細胞を本機構にお送りいただくだけで、Affymetrix社のGeneChipアレイを使用し、網羅的に遺伝子発現解析を行い、高品質なデータをご提供するものです。

  • Affymetrix
    本機構はAffymetrix社の公認プロバイダとしてGeneChip®アレイ受託解析を行っています。

〔GeneChip®の選び方;遺伝子発現解析〕

目的 項目
  • ・これまでGeneChipデータをお使いの方
  • ・ヒト・マウス・ラット以外の生物種で解析を行いたい方
3’IVT Array
  • ・初めて遺伝子発現解析を行う方
  • ・3’IVT arrayよりもシンプルなデータを取得したい方
Gene ST Array
  • ・FFPE切片から遺伝子発現解析を行いたい方
3’IVT Array(FFPEプロトコール)
ページの先頭へ戻る
■特徴
  • 世界で多くの研究者に使用されているアレイ
    アレイとしての歴史が古く、多くのデータが取得されています。
    論文や公共データベースなどにもデータがあるため、過去のデータと比較されたい時にお勧めです。
  • 高品質で高い再現性
    GeneChip®アレイはフォトリソグラフィーとコンビナトリアル・ケミストリーを組み合わせた、Affymetrix社独自の安定性の高い方法で製造しています。
  • 独自のアルゴリズムによる検出
    Perfect Match(PM)プローブによる完全な相補的配列の検出データと、Mismatch(MM)プローブによる非特異的な結合の検出データを統計的に処理することでノイズデータを除去できます。
  • 少量サンプルからの解析も可能
    3' IVT Express Kitにより、少量サンプル(50 ng以上)からでも高品質でゲノムワイドなデータを取得できます。
  • 3’IVT Expression Arrayを使用
    mRNAの3’側エクソン領域でプローブ設計を行った3’IVT Expression Arrayを用いて解析を行います。

 CERIでは

  • 豊富なGeneChip®アレイ解析の実績
    2001年度より様々な遺伝子発現解析のプロジェクトに参画し、豊富な実績を有しています。
  • 高精度に管理された実験環境
    HEPAフィルタークリーンブースにおいて、クリーン度の高い環境下で作業しています。塵等によるアレイ測定への影響、光によるシグナルの退色の心配はありません。 
  • 高いアレイ実験技術・データの精度
    アレイ解析技術の高さから、高いリピート率でオーダーをいただいています。
ページの先頭へ戻る

サービス内容

 以下のような流れで受託解析を実施します。基本メニューとしてはお客様からtotal RNAをご送付いただくことからスタートします。

  • 受託解析の流れ
    受託解析の流れ
RNA品質検定
  • 微量分光光度計によるRNA濃度の測定
  • バイオアナライザによるRNA品質の確認
マイクロアレイ実験
  • ラベル化cRNAの合成
  • ラベル化cRNAの濃度確認
  • 目的とするGeneChip®アレイとのハイブリダイゼーション
  • 洗浄/染色/スキャニング
データ解析
  • 数値化、簡易解析(変動遺伝子リスト作成)
  • データマイニング(オプションとして様々なメニューをご用意しています)
ページの先頭へ戻る

納品物 / 納期

 報告書(印刷物)以外に、以下のデータを電子ファイルとして納品します。なお、報告書には方法、結果(考察)を含みます。

納品物 (1)解析結果報告書(ハードコピー)
(2)RNA品質検定結果(Excel及びPDFファイル)
(3)画像データ(TIFFファイル)
(4)数値化データ(Textファイル)
(5)QCレポート結果(Textファイル)
納期 約3週間(サンプル受領から)

サンプル

 以下の条件に合ったtotal RNAサンプルをご準備ください。

種類 total RNA(カラムフィルターで精製)
サンプル量 500 ng以上
濃度 20 ng/μL以上(推奨;100 ng/ μL以上)
溶媒 Nuclease Free水(DEPC水不可
A260/A280 1.8以上
A260/A230 1.5以上
RIN※ 5.0〜7.0以上

※RIN;RNA Integrity Numberの略であり、RNAの分解度を1〜10で数値化したもの。
10に近いほど分解していないRNAを表す。

*サンプルは返却しませんので、必要量をお送りください。
*上記基準に満たない場合はご相談ください。
*ヒト臨床サンプルの場合、HIV、HCV等感染性のあるサンプルは受領できません。
*組織・細胞等からのtotal RNA精製も承ります。お気軽にお問い合わせください。

ページの先頭へ戻る

価格

 本解析の価格に関しましては、本機構までお問い合わせください。

 お問い合わせ先はこちら

お申し込み方法

  • ご依頼の目的など、こちらのフォームより可能な限り詳しくお知らせください。具体的な解析内容については、お客様とご相談の上決定させていただきますので、お気軽にお問い合わせください。
  • その他一般的なご依頼・ご相談手順についてはこちらをご覧ください。
  • ご相談の内容に基づき、費用・納期等をお知らせします。
  • お見積り内容にご承諾いただけましたら、契約手続きに入らせていただきます。
  • その後、サンプルを本機構までご送付ください。サンプルの送付方法についてはこちらを参考にしてください。
    なお、土日祝祭日はサンプルの受け取りができませんので、平日の9時から17時に本機構着となりますように、冷凍(ドライアイス同梱)にてお送りください。

反応の流れ(検出原理)

 3’IVT Express法は従来の1-cycle法、2-cycle法に替わる新しいビオチンラベル化cRNA合成キットを用いたアレイ解析になります。total RNA 50 ng以上からT7プロモーター配列を含む2本鎖cDNAの合成を行います。次にcDNAを鋳型とするin vitro転写反応(IVT)を行い、ビオチンラベルされたcRNAを合成します。

 3’ IVT Express法と1-cycle法のデータは高い相関性であることがAffymetrix社により示されています。

  • 図 3’ IVT Express法のフローチャート(Affymetrix社のHP「3’IVT Express kit」より) 
    図 3’ IVT Express法のフローチャート(Affymetrix社のHP「3’IVT Express kit」より) 
ページの先頭へ戻る

測定可能なアレイ(2011年1月現在)

表 3’IVT Expression array 一覧(Affymetrix社HP「3’IVT Expression Analysis」より)
動物
生物種 学名 アレイ
ヒト Homo Sapiens Human Genome U133 Plus 2.0
マウス Mus musculus Mouse Genome 430 2.0
ラット Rattus norvegicus Rat Genome 230 2.0
アカゲザル Macaca mulatta Rhesus Macaque Genome
イヌ Canis familiaris Canine Genome 2.0
ブタ Sus scrofa Porcine Genome
ウシ Bovinae Bovine Genome
トリ Gallus gallus Chicken Genome
アフリカツメガエル Xenopus laevis Xenopus laevis Genome 2.0
アフリカツメガエル Xenopus tropicalis Xenopus tropicalis Genome
ゼブラフィッシュ Danio rerio Zebrafish Genome
キイロショウジョウバエ Drosophila melanogaster Drosophila Genome 2.0
線虫 C. elegans C. elegans Genome
植物
生物種 学名 アレイ
シロイヌナズナ Arabidopsis thaliana Arabidopsis Genome ATH1
大麦 Hordeum vulgare Barley Genome
柑橘類 Citrus, Poncirus Citrus Genome
綿 Gossypium hirsutum,
Gossypium raimondii,
Gossypium arboretum, and
Gossypium barbadense
Cotton Genome
コーン Zea mays Maize Genome
M. truncatula, M. sativa and
S. meliloti
Medicago Genome
indica cultivar Rice Genome
大豆 Glycine max, Phytophthora sojae and Heterodera glycines Soybean Genome
サトウキビ Saccharum officinarum Sugar Cane Genome
トマト Lycopersicon esculentum Tomato Genome
ブドウ Vitis vinifera Vitis vinifera Grape Genome
小麦 T. aestivum, T. monococcum,
T. turgidum, and Aegilops tauschii
Wheat Genome
ポプラ P. trichocarpa Poplar Genome
その他
生物種 学名 アレイ
大腸菌 E. coli E. coli Genome 2.0
緑膿菌 Pseudomonas aeruginosa P. aeruginosa Genome
マラリア原虫/ハマダラ蚊 Plasmodium/Anopheles Plasmodium/Anopheles Genome
黄色ブドウ球菌 Staphylococcus aureus S. aureus Genome
イースト S. cerevisiae, S. pombe Yeast Genome 2.0