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Agilent/aCGH解析

  1. 受託解析内容
  2. データ解析例

受託解析内容

 

概要 /特徴

・概要

 本受託解析は、ゲノムDNAを本機構にお送りいただくだけで、Agilent社のaCGH(array-based Comparative Genomic Hybridization)アレイを使用してコントロールサンプルに対するコピー数異常(CNVなど)を検出するものです。

  • 本機構はAgilent社の公認プロバイダとしてマイクロアレイ受託解析を行っています。
    本機構はAgilent社の公認プロバイダとしてマイクロアレイ受託解析を行っています。
・特徴
  • 広範囲のコード領域及び非コード領域をカバー
    全体的に均等間隔でプローブの設計を行っているため、広範囲のコード/非コード領域をカバーしています。また、様々なアレイフォーマット(1x1M、1x244K、2x105K、4x180K等)に対応しているため、目的に沿ったアレイフォーマットをお選びいただけます。
  • 2色法による厳密な定量解析
    2サンプル間の直接比較に適した2色法での競合ハイブリダイズにより、厳密な定量解析を実現します。
  • 極少量(0.25 μg以上)のgDNAから解析が可能
     Genomic DNA Enzymatic Labeling Kitにより、ゲノムDNA 250 ngから解析が可能です。
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サービス内容

 以下のような流れで受託解析を実施します。基本メニューとしてはお客様からゲノムDNAをご送付いただくことからスタートします。

  • 受託解析の流れ
    受託解析の流れ
DNA品質検定
  • 微量分光光度計によるgDNA濃度の測定
  • アガロース電気泳動によるgDNA分解度の確認
マイクロアレイ実験
  • ラベル化gDNAの合成
  • ラベル化gDNAの濃度確認,
  • 目的とするマイクロアレイアレイとのハイブリダイゼーション
  • 洗浄/スキャニング
データ解析
オプションメニュー
  • 「Genomic Workbench」によるゲノム変異解析
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納品物 / 納期

 報告書(印刷物)以外に、以下のデータを電子ファイルとして納品いたします。なお、報告書には方法、結果(考察)を含みます。

納品物 (1)解析結果報告書(PDFファイル)
(2)電気泳動結果
(3)画像データ(TIFFファイル)*
(4)数値化データ(Textファイル)
(5)QCレポート結果(Textファイル)
(6)〔オプションメニュー〕「Genomic Workbench」によるゲノム変異解析
納期 約4週間(サンプル受領から)

*ご依頼内容によってはお渡しできない場合もあります

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サンプル

以下の条件に合ったgenome DNAサンプルをご準備ください。

種類 genome DNA(カラムフィルターで精製)
サンプル量 1 μg以上
濃度 25 ng/μL以上(推奨;100 ng/μL以上)
溶媒 TE buffer
A260/A280 1.8以上
A260/A230 1.5以上
品質 電気泳動;シャープな1本のピークであること

*サンプルは返却しませんので、必要量をお送りください。
*上記基準に満たない場合はご相談ください。
*ヒト臨床サンプルの場合、HIV、HCV等感染性のあるサンプルは受領できません。
*組織・細胞等からのgenome DNA精製も承ります。お気軽にお問い合わせください。

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価格

 本解析の価格に関しましては、本機構までお問い合わせください。

 お問い合わせ先はこちら

お申し込み方法

  • ご依頼の目的など、こちらのフォームより可能な限り詳しくお知らせください。具体的な解析内容については、お客様とご相談の上決定させていただきますので、お気軽にお問い合わせください。
  • その他一般的なご依頼・ご相談手順についてはこちらをご覧ください。
  • ご相談の内容に基づき、費用・納期等をお知らせします。
  • お見積り内容にご承諾いただけましたら、契約手続きに入らせていただきます。
  • その後、サンプルを本機構までご送付ください。サンプルの送付方法についてはこちらを参考にしてください。
    なお、土日祝祭日はサンプルの受け取りができませんので、平日の9時から17時に本機構着となりますように、冷凍(ドライアイス同梱)にてお送りください。
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測定可能なアレイ(2011年1月現在)

表 aCGHアレイ一覧(Agilent社HP「CGH用アレイ」より)
動物
和名 学名 アレイ フォーマット アレイ
タイプ
スポット数 平均
解像度
ヒト Homo Sapiens Human CGH 1×1M G3 963,029 2.1 Kb
2×400K 411,056 5.3 Kb
4×180K 170,334 13 Kb
8×60K 55,077 41 Kb
1×244K HD 236,381 8.9 Kb
2×105K 99,026 22 Kb
4×44K 42,494 43 Kb
Human CNV   1×1M G3 963,331 2.6 KB
2×400K 442,892 1 kb
2×105K HD 98,197 232 bp
High-Resolution Discovery 1×1M G3 963,331 3 Kb
マウス Mus musculus Mouse CGH 1×1M G3 963,261 1.8 Kb
4×180K 170,305 10.9 Kb
1×244K HD 235,402 7.8 Kb
2×105K 98,797 19.3 Kb
ラット Rattus norvegicus Rat CGH 1×1M G3 962,967 1.7 Kb
4×180K 170,012 10.7 Kb
1×244K HD 235,974 4.9 Kb
2×105K 97,973 19.1 Kb
トリ Gallus gallus Chicken CGH 4×180K G3 171,524 12.7 Kb
アカゲザル Macaca mulatta Rhesus Monkey CGH 4×180K G3 171,527  11 Kb
チンパンジー Pan troglodytes Chimpanzee CGH 4×180K G3 171,524 12.7 Kb
ウシ Bovinae Bovine CGH 4×180K G3 171,527 11 Kb
イヌ Canis familiari Canine CGH 4×180K G3 171,534 2.7 Kb
植物
和名 学名 アレイ フォーマット アレイ
タイプ
スポット数 平均
解像度
コメ Oryza sativa  Rice CGH 4×180K G3 171,861 14.9 Kb