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Agilent遺伝子発現解析

受託解析内容

 

概要/特徴

■ 概要

 本受託解析は、RNAサンプル又は対象組織や細胞を本機構にお送りいただくだけで、Agilent社のマイクロアレイを使用して網羅的に遺伝子発現解析を行い、高品質なデータをご提供するものです。

  • 本機構はAgilent社の公認プロバイダとしてマイクロアレイ受託解析を行っています
    本機構はAgilent社の公認プロバイダとしてマイクロアレイ受託解析を行っています。

〔解析手法の選び方〕

目的 項目
  • ・サンプル中の遺伝子発現量を測定・解析したい
遺伝子発現解析
  • ・ゲノムDNAのコピー数変化の測定・解析をしたい
aCGH解析
  • ・miRNAの発現量を測定・解析したい
miRNA解析
  • ・超微量サンプルやFFPE切片中の遺伝子発現量を測定・解析したい
超微量/FFPEサンプルの遺伝子発現解析

各種カスタムアレイのデザインサポートも実施します

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■ 特徴
  • 広いダイナミックレンジ
    Agilent社マイクロアレイは幅広いダイナミックレンジ(5桁)で検出可能であるため、低発現量の遺伝子の検出が可能であり、また、検出可能な遺伝子数が多いことが特徴です。
  • 少量サンプルからの解析も可能
    Low Input Quick Amp Labeling Kitを用いて、25 ng以上(8×60Kフォーマットの場合は10 ng以上)のtotal RNAからでも高品質なアレイデータの取得が可能です。

CERIでは

  • 豊富なAgilentマイクロアレイ解析の実績
    2001年度より様々な遺伝子発現解析のプロジェクトに参画し、豊富な実績を有しています。
  • 高精度に管理された実験環境
    HEPAフィルタークリーンブースにおいて、クリーン度の高い環境下で作業しています。塵等によるアレイ測定への影響、光によるシグナルの退色の心配はありません。
  • 高い技術・データの精度
    アレイ解析技術の高さから、高いリピート率でオーダーをいただいています。
  • 別々に実施した同一サンプルデータの比較
    別々に実施した同一サンプルデータの比較
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サービス内容

 以下のような流れで受託解析を実施します。基本メニューとしてはお客様からtotal RNAをご送付いただくことからスタートします。

  • 受託解析の流れ
    受託解析の流れ
RNA品質検定
  • 微量分光光度計によるRNA濃度の測定
  • バイオアナライザによるRNA品質の確認
マイクロアレイ実験
  • Low Input Quick Amp Labeling Kitによるラベル化cRNAの合成
  • ラベル化cRNAの濃度・Cy3/Cy5取り込み効率確認
  • 目的とするマイクロアレイアレイとのハイブリダイゼーション
  • 洗浄/スキャニング
データ解析
  • 数値化、簡易解析(変動遺伝子リスト作成)
  • データマイニング(オプションとして様々なメニューをご用意しています)
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納品物 / 納期

 報告書(印刷物)以外に、以下のデータを電子ファイルとして納品します。なお、報告書には方法、結果(考察)を含みます。

納品物 (1)解析結果報告書(ハードコピー)
(2)RNA品質検定結果(Excel及びPDFファイル)
(3)画像データ(TIFFファイル)*
(4)数値化データ(Textファイル)
(5)QCレポート結果(PDFファイル)
(6)各種解析データ(オプションメニュー
納期 約3週間(サンプル受領から)

*ご依頼内容によってはお渡しできない場合もあります

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サンプル

 以下の条件に合ったtotal RNAサンプルをご準備ください。

種類 total RNA(カラムフィルターで精製)
サンプル量 25〜200 ng (Low Input kit)
濃度 20 ng/μL以上(推奨;100 ng/μL以上)
溶媒 Nuclease Free水(DEPC水不可
A260/A280 1.8以上
A260/A230 1.5以上
RIN※ 5.0〜7.0以上

※RIN; RNA Integrity Numberの略であり、RNAの分解度を1〜10で数値化したもの。
10に近いほど分解していないRNAを表します。

*サンプルは返却しませんので、必要量をお送りください。
*上記基準に満たない場合はご相談ください。
*ヒト臨床サンプルの場合、HIV、HCV等感染性のあるサンプルは受領できません。
*組織・細胞等からのtotal RNA精製も承ります。お気軽にお問い合わせください。

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価格

 本解析の価格に関しましては、本機構までお問い合わせください。お問い合わせ先はこちら

お申し込み方法

 ご依頼の目的など、こちらのフォームより可能な限り詳しくお知らせください。具体的な解析内容については、お客様とご相談の上決定させていただきますので、お気軽にお問い合わせください。 その他一般的なご依頼・ご相談手順についてはこちらをご覧ください。 ご相談の内容に基づき、費用・納期等をお知らせします。お見積り内容にご承諾いただけましたら、契約手続きに入らせていただきます。 その後、サンプルを本機構までご送付ください。サンプルの送付方法についてはこちらを参考にしてください。

 なお、土日祝祭日はサンプルの受け取りができませんので、平日の9時から17時に本機構着となりますように、冷凍(ドライアイス同梱)にてお送りください。

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実験方法の選択

 アジレント社製オリゴマイクロアレイ解析には、1色法と2色法の2通りがあります。お客様の研究目的に合わせて、お選びいただけます。なお、原理についてはAgilent社プロトコール(18ページ目)をご参照ください。

表 1色法と2色法の対比
  1色法 2色法
用途 ・データ解析の際の組み合わせが自由
・シグナル値レベル(5桁)での統計解析が可能
・2サンプル間の微小な差異を検出可能
(厳密な数値比較に強い)
蛍光色素 Cy3 Cy3/Cy5
ノーマライズ方法 グローバルノーマライゼーション Lowessノーマライゼーション
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測定可能なアレイ(2011年1月現在)

表 遺伝子発現解析用オリゴDNAマイクロアレイ一覧
(Agilent社HP「遺伝子発現解析マイクロアレイ」より)
動物
和名 学名 アレイ フォーマット
ヒト Homo Sapiens Whole Human Genome ・8×60K(G3)
・4×44K
マウス Mus musculus Whole Mouse Genome
ラット Rattus norvegicus Whole Rat Genome
ウマ Equus caballus Horse ・4×44K  
犬  Canis familiari Canine (Dog) V2
ハマダラ蚊 Anopheles gambiae Mosquito
線虫 C.elegans C. elegans (V2)
ブタ (ヨーロッパイノシシ) Sus Scrofa Porcine
ウサギ Oryctolagus cuniculus Rabbit
サケ Salmo salar Salmon
ヒツジ Ovis aries Sheep
ゼブラフィッシュ Danio rerio Zebrafish (V2)
キイロショウジョウバエ Drosophila melanogaster Drosophila
ウシ Bovinae Bovine
ニワトリ Gallus gallus Chicken
アカゲザル Macaca mulatta Rhesus Monkey
アフリカツメガエル Xenopus laevis Xenopus laevis
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植物
和名 学名 アレイ フォーマット
タバコ Nicotiana tabacum Tobacco ・4×44K
トウモロコシ Corn; Maize Corn
イネ   イネ
セイヨウアブラナ Brassica napus Brassica
ワタ Gossypium hirsutum Cotton
タルウマゴヤシ Medicago truncatula Medicago
オオムギ  Hordeum vulgar Barley
コムギ Triticum aestivum Wheat
トマト Solanum lycopersicum Tomato
大豆 Glycine max  ダイズ
シロイヌナズナ Arabidopsis thaliana Arabidopsis V4
Rice いもち病菌 Magnaporthe grisea Magnaporthe grisea 2.0
その他
和名 学名 アレイ フォーマット
出芽酵母 Saccharomyces Cerevisiae Yeast ・4×44K
マウス発生研究用   Mouse 発生再生研究
ラット   Rat (V2)

 

・SurePrint G3 platform;
Agilent社独自のSure print技術によって、スポット密度が従来の5倍に増加した高密度アレイです。これにより、ゲノムカバー率が向上し、mRNAのみならずlincRNAやsnoRNA等のnon-coding RNAのプローブにも対応しています。