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Agilent遺伝子発現解析

  1. 受託解析内容
  2. 超微量/FFPEサンプル
  3. カスタムアレイ

超微量/FFPEサンプル

 

概要 / 特徴

・概要

 本受託解析は、動物実験後に得られるFFPE(Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded)から抽出した分解が進んだRNAや超微量RNAを本機構にお送りいただくだけで、Agilent社の遺伝子発現解析用オリゴDNAマイクロアレイを使用し、網羅的に遺伝子発現解析を行い、高品質なデータをご提供するものです。

  • 写真
・特徴
  1. 超微量サンプルからの遺伝子発現解析
    ・少量で貴重なサンプルの遺伝子発現解析が可能
    ICM(Inner Cell Mass; 内部細胞塊)、ES細胞、iPS細胞、胚、FACS (Fluorescence activated cell sorting)等
    ・超微量(500 pg以上)のtotal RNA量で実施可能
    ピコもしくはナノレベルのtotal RNAからマイクロレベルのcDNAへ増幅が可能です。
  2. FFPEサンプルからの遺伝子発現解析
    ・ 病理標本にも対応可能
    LCM(Laser Capture Microdissection)で得られたサンプルにも対応可能です。
    ・ 微量total RNAからも解析が可能
    50 ng以上のtotal RNAからでも遺伝子発現解析が可能です。
    ・ 分解が進んだRNAからも解析が可能
    分解が進んだRNAであっても、ナノレベルのtotal RNAからマイクロレベルのcDNAへ増幅が可能です。
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サービス内容

 以下のような流れで受託解析を実施します。基本メニューとしてはお客様からtotal RNAをご送付いただくことからスタートします。

  • 受託解析の流れ
    受託解析の流れ
RNA品質検定
  • 微量分光光度計によるRNA濃度の測定
  • バイオアナライザによるRNA品質の確認
マイクロアレイ実験
  • ラベル化cDNAの合成
  • ラベル化cDNAの濃度・Cy3取り込み効率確認
  • 目的とするマイクロアレイアレイとのハイブリダイゼーション
  • 洗浄/スキャニング
データ解析
  • 数値化、簡易解析(変動遺伝子リスト作成)
  • データマイニング(オプションとして様々なメニューをご用意しています)
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納品物 / 納期

 報告書(印刷物)以外に、以下のデータを電子ファイルとして納品します。なお、報告書には方法、結果(考察)を含みます。

納品物 (1)解析結果報告書(ハードコピー)
(2)RNA品質検定結果(Excel及びPDFファイル)
(3)画像データ(TIFFファイル)*
(4)数値化データ(Textファイル)
(5)QCレポート結果(Textファイル)
(6)各種解析データ(オプションメニュー
納期 約4週間(サンプル受領から)

*ご依頼内容によってはお渡しできない場合もあります

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サンプル

 以下の条件に合ったtotal RNAサンプルをご準備ください。

  1. 超微量サンプルからの遺伝子発現解析
    ・マイクロアレイ解析からご依頼の場合
    種類  total RNA(カラムフィルターで精製)
    サンプル量 1 ng (Low Input kit)
    濃度 100 pg/μL以上
    溶媒 Nuclease Free水(DEPC水不可
    A260/A280 1.8以上
    A260/A230 1.5以上
    RIN 5.0〜7.0以上
  2. FFPEサンプルからの遺伝子発現解析 種類  FFPE サンプル厚 3〜10 μm 枚数 4枚以上
    ・マイクロアレイ解析からご依頼の場合
    種類 total RNA(カラムフィルターで精製)

    サンプル量 200 ng以上
    濃度 50 ng/μL以上
    溶媒 Nuclease Free水(DEPC水不可
    A260/A280 1.8以上
    A260/A230 1.0程度以上
    ・FFPEからのRNA抽出からご依頼の場合
    種類 FFPE
    サンプル厚 3〜10 μm
    枚数 4枚以上

※ RIN;RNA Integrity Numberの略であり、RNAの分解度を1〜10で数値化したもの。
10に近いほど分解していないRNAを表します。

*基本的にサンプルは返却しませんので、必要量をお送りください。
*ヒト臨床サンプルの場合、HIV、HCV等感染性のあるサンプルは受領できません。
*ご提供いただくRNAやFFPEサンプルの状態によって、結果が大きく左右されます。ご了承の上、お申し込みください。
*上記基準に満たない場合は本機構までご相談ください(こちら)。

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価格

 本解析の価格に関しましては、本機構までお問い合わせください。

 お問い合わせ先はこちら

お申し込み方法

  • ご依頼の目的など、こちらのフォームより可能な限り詳しくお知らせください。具体的な解析内容については、お客様とご相談の上決定させていただきますので、お気軽にお問い合わせください。
  • その他一般的なご依頼・ご相談手順についてはこちらをご覧ください。
  • ご相談の内容に基づき、費用・納期等をお知らせします。
  • お見積り内容にご承諾いただけましたら、契約手続きに入らせていただきます。
  • その後、サンプルを本機構までご送付ください。サンプルの送付方法についてはこちらを参考にしてください。
    なお、土日祝祭日はサンプルの受け取りができませんので、平日の9時から17時に本機構着となりますように、冷凍(ドライアイス同梱)にてお送りください。