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Agilent/miRNA解析

  1. 受託解析内容
  2. データ解析例

受託解析内容

 

概要/特徴

■概要

 本受託解析は、RNAサンプル又は対象組織や細胞を本機構にお送りいただくだけで、Agilent社のmiRNAマイクロアレイを使用して網羅的に発現解析を行い、高品質なmiRNAアレイデータをご提供するものです。

  • Agilent
    本機構はAgilent社の公認プロバイダとしてマイクロアレイ受託解析を行っています。
■特徴
  • matureなmiRNAを特異的かつ高感度に検出
    プローブのヘアピンキャップ構造により、pre-, pri-miRNAのハイブリダイズを抑え、matureなmiRNAを特異的に検出できます。詳しくは「反応の流れ」をご参照ください。
  • 微量のtotal RNA(100 ng)から解析可能
    miRNA Complete Labeling Reagent and Hyb Kitの使用により、100 ngのtotal RNAからアレイ実験が可能です。
  • 経済的な8パックアレイ
    miRNA発現解析アレイは60-mer SurePrint技術でプリントした 8x15Kスライドフォーマットでの解析となります。
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サービス内容

 以下のような流れで受託解析を実施します。基本メニューとしてはお客様からtotal RNAをご送付いただくことからスタートします。

  • 受託解析の流れ
    受託解析の流れ
RNA品質検定
  • 微量分光光度計によるRNA濃度の測定
  • バイオアナライザによるRNA品質の確認
マイクロアレイ実験
  • ラベル化cRNAの合成
  • 目的とするマイクロアレイアレイとのハイブリダイゼーション
  • 洗浄/スキャニング
データ解析
  • 数値化、簡易解析(変動遺伝子リスト作成)
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納品物 / 納期

 報告書(印刷物)以外に、以下のデータを電子ファイルとして納品いたします。なお、報告書には方法、結果(考察)を含みます。

納品物 (1)解析結果報告書(ハードコピー)
(2)RNA品質検定結果(Excel及びPDFファイル)
(3)画像データ(TIFFファイル)*
(4)数値化データ(Textファイル)
(5)QCレポート結果(Textファイル)
納期 約3週間(サンプル受領から)

*ご依頼内容によってはお渡しできない場合もあります

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サンプル

 以下の条件に合ったtotal RNAサンプルをご準備ください。

種類 total RNA(カラムフィルターで精製)
サンプル量 300 ng以上
濃度 100 ng/μL以上
溶媒 Nuclease Free水(DEPC水不可
A260/A280 1.8以上
A260/A230 1.5以上

※ miRNA解析用total RNAの精製にはmiRNeasy mini kit (QIAGEN)等をご使用ください。

*サンプルは返却しませんので、必要量をお送りください。
*上記基準に満たない場合はご相談ください。
*ヒト臨床サンプルの場合、HIV、HCV等感染性のあるサンプルは受領できません。
*組織・細胞等からのtotal RNA精製も承ります。お気軽にお問い合わせください。

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価格

 本解析の価格に関しましては、本機構までお問い合わせください。

 お問い合わせ先はこちら

お申し込み方法

  • ご依頼の目的など、こちらのフォームより可能な限り詳しくお知らせください。具体的な解析内容については、お客様とご相談の上決定させていただきますので、お気軽にお問い合わせください。
  • その他一般的なご依頼・ご相談手順についてはこちらをご覧ください。
  • ご相談の内容に基づき、費用・納期等をお知らせします。
  • お見積り内容にご承諾いただけましたら、契約手続きに入らせていただきます。
  • その後、サンプルを本機構までご送付ください。サンプルの送付方法についてはこちらを参考にしてください。
    なお、土日祝祭日はサンプルの受け取りができませんので、平日の9時から17時に本機構着となりますように、冷凍(ドライアイス同梱)にてお送りください。
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検出原理

 まず、miRNAを含むtotal RNAをCIP(Calf Intestinal Phosphate)を用いて、脱リン酸化します。その後、T4 RNA Ligaseの働きによりCy3-pCpを5’末端に1分子のみ結合させてラベル化miRNAを合成し、ハイブリダイズを行います。

 Agilent社のmiRNAマイクロアレイのプローブはmiRNAの相補的配列(Hybridization sequence)とヘアピンキャップ配列(extended hairpin)からなっています。ヘアピンキャップ構造の存在により、pre-miRNAやpri-miRNAはハイブリダイズできず、matureなmiRNAのみがハイブリダイズすることができ、miRNAの特異的で高感度な検出が可能です。

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測定可能なアレイ(2011年1月現在)

表 miRNA発現解析用マイクロアレイ一覧(Agilent社HP「miRNA用カタログ」より)
生物種(学名) miRBase ver. 16.0 15.0 14.0 12.0 10.1 9.1
Human
(Homo sapiens)
mature miRNA数 1223 1100 904 866 733 470
マイクロアレイ (8×60K予定)
近日発売
- 8×15K
Rel.14.0
8×15K
Rel.12.0
8×15K
Rel.10.1
8×15K
Rel.9.1
Mouse
(Mus musculus)
mature miRNA数 1055 717 710 627 579 -
マイクロアレイ 近日発売 8×15K
Rel.15.0
8×15K
Rel.14.0
8×15K
Rel.12.0
8×15K
Rel.10.1
-
Rat
(Rattus norvegicus)
mature miRNA数 680 387 388 350 351 -
マイクロアレイ 近日発売 8×15K
Rel.15.0
-   - 8×15K
Rel.10.1
-