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遺伝子ネットワーク解析/パスウェイ解析(IPA解析)

  1. 受託解析内容
  2. データ解析例

受託解析内容

 

概要 / 特徴

■概要

 CERIではIPA(Ingenuity Pathways Analysis)™ を用いた遺伝子ネットワーク/パスウエイ受託解析を実施しています。お客様からアレイデータ等をお送りいただくだけで、様々な遺伝子ネットワークや生物学的機能情報を解析し、ご提供します。

 遺伝子ネットワーク解析とは、遺伝子間の相互作用(遺伝子間の制御、代謝マップなど)の上に取得したマイクロアレイの数値データを可視化させたり、選定した遺伝子群に関連性の高いネットワークを描画したりすることで、膨大なアレイデータから生物学的考察のヒントを得るものです。

 IPA™は遺伝子データだけではなく、miRNA、タンパク質、代謝産物(メタボローム)の解析にも適用できます。

  • IPA
    CERIはIngeuity社IPAソフトを用いた受託解析における公式サービスプロバイダです。
■受託解析の特徴
  • 事前の十分なヒアリング
    お客様の研究目的や実験系などをお聞きし、Discussionを行いながら解析プランを組み立てます。
  • 解析結果に対する考察付け
    IPATM解析で得られた結果をお返しするだけではなく、生物学的な意味付けを含め、生体内でどのような現象が起こっているかについて考察を行います。
  • きめ細やかなアフターフォロー
    解析結果を納品した後でも、お客様のご質問にはお答えしています。
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サービス内容

  • データマイニング後のアレイデータ(発現変動した遺伝子群)のアノテーション付けに
  • 遺伝子発現変動に対する生物学的な考察付けのヒントに
  • miRNA、タンパク質、代謝産物(メタボローム)の解析に…、遺伝子ネットワーク/パスウエイ解析をご利用ください
  • サービス内容
    サービス内容

【受託解析の流れ】

1) お客様からのデータファイルの送付 遺伝子ID、発現量(比)、p値などを含んだファイル(TextもしくはExcel形式)をご送付ください。
2) ネットワーク/パスウエイ解析 IPATMソフトの解析機能を用いて、遺伝子ネットワーク/パスウエイ解析や遺伝子群の機能分類(IPA GO解析)を実施いたします。
3) お客様への解析データ納品 報告書とともに各種データをお送りします。
*30日間解析アカウント (オプション) お客様ご自身で1か月間ご自由にIPA™ソフトを使用できます。解析結果を直接ソフトウエア上でご覧になりたい場合や、更なる解析を行いたい場合に有用です。

※ 必要に応じてお客様とのDiscussionを行います。

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ご送付いただくデータ

  • 遺伝子ID、発現量(比)、p値(統計処理後)などデータを含んだファイル(TextもしくはExcel形式)をご送付ください。
  • 1データシートを1解析とします注)
    注) 同じ遺伝子IDを持つ数値データの並びであれば、時系列などの連続データであっても「1データシート」とします。

【対応可能なデータ】

対応生物種
・ヒト   :約17,000種
・ラット  :約 7,200種
・マウス :約12,400種
対応生物種
(HomoloGene)
・Rhesus macaque(アカゲザル), 
・Pan troglodytes(チンパンジー),
・Canis(イヌ),
・Bos Taurus(ウシ),
・Gallus(ニワトリ),
・Danio rerio (ゼブラフィッシュ),
・Arabidopsis(シロイヌナズナ),
・Drosophila(ショウジョウバエ),
・C.elegans(線虫),
・S.cerevisiae(出芽酵母),
・S.pombe(分裂酵母)
アップロード可能なID
〔アレイフォーマット〕
・Affymetrix (Expression, SNP)
・Agilent
・Applied Biosystems
・Codelink
・Illumina

〔その他〕
・HMDB (Human Metabolome Database)
・miRBase (mature)
・KEGG
・Ingenuity
・PubChem CID
・CAS Registry Number
〔遺伝子/タンパク質ID〕
・Entrez Gene (LocusLink)
・GenBank
・RefSeq
・UniGene
・HUGO Gene Symbol
・GI Number
・International Protein Index
・GenPept
・UniProt/Swiss-Prot Accession
・db SNP
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納品物 / 納期

 報告書(印刷物及びPDFファイル)以外に、以下のデータを電子ファイルとして納品します。なお、報告書の記載内容は解析コースによって異なります。

  • 標準解析コース:方法、結果を含みます。
  • 詳細解析コース:要約、方法、結果、考察、引用論文リストを含みます。
納品物

■ サマリーレポート
・各項目(ネットワーク、遺伝子機能、既知のパスウエイなど)の上位リスト<5位まで表示> (PDFファイル)

■ 遺伝子機能(オントロジー)
・遺伝子機能ランキングのグラフ(-log[p value ]で表示) (JPEGファイル)
・遺伝子機能に属する遺伝子リスト (Excelファイル)

■ 既知のパスウエイ(Canonical Pathway)
・既知パスウエイランキングのグラフ(-log[p value ]で表示) (JPEGファイル)
・上位10種の既知パスウエイ図(JPEGファイル)
・上位10種の既知パスウエイ図に含まれる遺伝子リスト(Excelファイル)
納期 ・標準解析コース;約2週間(データ受領から)
・詳細解析コース;約4週間(データ受領から)
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価格

 本解析の価格に関しましては、本機構までお問い合わせください。

 お問い合わせ先はこちら

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お申し込み方法

  • ご依頼の目的など、こちらのフォームより可能な限り詳しくお知らせください。具体的な解析内容については、お客様とご相談の上決定させていただきますので、お気軽にお問い合わせください。
  • その他一般的なご依頼・ご相談手順についてはこちらをご覧ください。
  • ご相談の内容に基づき、費用・納期等をお知らせします。
  • お見積り内容にご承諾いただけましたら、契約手続きに入らせていただきます。