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遺伝子ネットワーク解析/パスウェイ解析(IPA解析)

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データ解析例

 

データベース内容

 IPA(Ingenuity Pathways Analysis)™ は、Ph.Dクラスの科学者によって代表的な科学雑誌(約500種類)から査読された遺伝子情報を抽出し、Ingenuity社独自の分類によってデータベース化したものです。

 さらに広範囲な論文から人手によってレビューされた自然言語処理によって抽出された情報も収集されています。

【IPAデータベース】*1

遺伝子 ・ヒト  :約 17,000種
・マウス :約 12,400種
・ラット :約 7,200種
相互作用 ・Ingenuity収集情報: 約2,500,000種類
・外部データベース情報: 約300,000種類
既知のパスウエイ情報
(Canonical Pathways)
・Metabolic Pathways : 約80種類
・Signaling Pathways :約300種類
化合物 ・薬剤(Drug)*2: 約3,800種類
・試薬/毒物(Chemical Regent/ Toxicant):約2,000種類
・その他(インヒビター等): 約500種類
miRNA ・ヒト   :706種
・マウス  :579種
・ラット  :287種
代謝産物
(Metabolite)
・哺乳類 : 5,309種類
・その他 : 2,416種類

*1;データベースは毎週更新(表示は2011年1月現在)。最新情報はこちらから。
*2;FDA認可及び臨床試験中のものを含む

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データ表示例

■ネットワーク表示 (放射状、細胞内局在など)
  • 図1 ネットワーク表示(放射状)  
    図1 ネットワーク表示(放射状)  
  • 図2 ネットワーク表示(局在表示)
    図2 ネットワーク表示(局在表示)
■様々なOverlay機能 (バーチャート、ドラッグ情報、遺伝子機能/ 疾患情報などの表示)
  • 図3 同一ネットワーク上での発現量比較
    図3 同一ネットワーク上での発現量比較
  • 図4 バーチャート表示(例;経時変化)
    図4 バーチャート表示
    (例;経時変化)
  • 図5 ドラッグ情報
    図5 ドラッグ情報
  • 図6 遺伝子機能/疾患情報
    図6 遺伝子機能/疾患情報
■各種ランキング表示 (遺伝子機能、パスウエイなど)
  • 表 遺伝子機能ランキング(Top5)
    表 遺伝子機能ランキング(Top5)
  • 図7 遺伝子機能ランキングのグラフ表示
    図7 遺伝子機能ランキングのグラフ表示
  • 図8 既知のパスウエイランキングのグラフ表示
    図8 既知のパスウエイランキングのグラフ表示
■ 既知のパスウエイ(Canonical Pathway)の表示
  • 図9 既知のパスウエイ上での発現量表示
    図9 既知のパスウエイ上での発現量表示