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遺伝子ネットワーク解析/パスウェイ解析(IPA解析)

  1. 受託解析内容

受託解析内容

 

概要 / 特徴

■概要

 次世代シーケンサー(Next Generation Sequencer; NGS)から得られる膨大な数の塩基配列データを解析するには、高性能な解析端末並びにNGS解析に特化した解析ツールの整備が必要です。また、膨大なデータ量の取扱い及び解析ツールの操作を熟知したバイオインフォマティシャンも必要です。そこで本機構では、専任のバイオインフォマティシャンがNGS解析ソフト(CLC Genomics Workbench )を駆使して研究目的に応じてNGSデータを解析し、お客様の研究をサポートします。

  • CLC Genomics Workbench ロゴ
    CERIはCLCbio社Genomics Workbenchソフトウェアを用いた受託解析の公式サービスプロバイダです。
■特徴
  • 事前の十分なヒアリング
    お客様の研究目的や実験系などをお聞きし、ディスカッションを行いながら解析プランを組み立てます。
  • きめ細やかな対応
    正式なお申込み前、若しくは解析結果の納品後でもお客様のご質問に対応いたしますので、お気軽にご相談ください。
  • 1か月間の解析ライセンスご提供
    本機構にご依頼頂いたお客様にはCLCbio社Genomics Workbenchソフトウェアの1か月間ライセンスをご提供しますので、直接お客様のPC端末で解析結果をご確認頂けると同時に、更なる解析も実施可能です。
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【解析メニュー】

項目

内容
変異解析 リファレンスゲノムの塩基配列情報を基に、統計的手法を用いてNGSで取得した塩基配列中のSNPや挿入・欠失(Insertion, Deletion)箇所の検出を行います。
ChIP-Seq解析 リファレンスゲノム配列へChIP-seqデータをマッピングした後、統計的手法によりタンパク質が結合したと考えられる領域を探索し、その上流(5’側)及び下流(3’側)に位置する遺伝子を示します。
RNA-Seq解析 リファレンスゲノム配列に対する転写産物の分布を基に各遺伝子の発現量の定量化及び新規遺伝子の探索を行います。
De novo解析 NGSで取得した塩基配列の類似性を基にアセンブリ(結合化)を行い、contig*1又はscaffold*2の作成を行います。

*1; NGSの塩基配列(リード)を連結させた配列, *2; 複数のcontigを連結させたより長い配列

⇒上記解析メニューは一例を示しています。データ前処理のプログラム開発等から柔軟に対応できますので、ご希望の解析方法がございましたらご相談ください。

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サービス内容

お問合せから納品までの流れは下図のようになります(ご依頼内容によっては、若干異なる場合があります)。

  • サービス内容
    サービス内容
1) お客様からのデータファイルの送付 本機構からお送りするDVD等へデータをコピーし、本機構までご返送ください(データ量が膨大となる場合は別途ご相談となります)。
2) Genomics Workbenchでの解析 CLC Genomics Workbenchの解析機能を用いて、ご要望に合わせた解析を実施します。
3) お客様への解析データ納品 報告書とともに各種データをお送りします(詳細はこちらをご覧ください)。
*1か月間解析ライセンス お客様ご自身で1か月間ご自由にCLC Genomics Workbench
ソフトを使用できます。解析結果を直接ソフトウエア上でご覧になりたい場合や、更なる解析を行いたい場合に有用です。

※ ご要望に応じて、IPA®(Ingenuity社)を用いたパスウェイ解析による追加解析も可能です(オプション)。

 

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ご送付いただくデータ

【対応可能なデータ】

種類

データ型 (拡張子)
Raw ・illumina GA, HiSeq, MiSeqシリーズ (.fastq)
・Roche 454 GS-FLXシリーズ、GS-Junior (.sff)
・Lifetech. ABi SOLiDシリーズ (.csfasta/ .qual)
・IonTorrent PGM (.fastq)
・Sanger (.ab/ .abi/ .ab1/ .scf/ .phd)
汎用フォーマット ・FASTQ (.fastq)
・SAM [Sequence Alignment Map] (.sam)
・BAM [Binary sequence Alignment Map] (.bam)
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納品物 / 納期

 報告書(印刷物)以外に、以下のデータを電子ファイルとして納品します。なお、報告書の記載内容には方法、結果を含みます。

納品物

(1)試験報告書 (PDFファイル)
(2)画像ファイル (TIFF形式)
(3)各解析結果出力ファイル (Excel及びテキスト形式)
納期 お問合せください (ご依頼内容及びデータ量によって変わります)。
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費用

 本解析の費用に関しましては、本機構までお問合せください。

 お問合せ先はこちら

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お申し込み方法

  • ご依頼の目的など、こちらのフォームより可能な限り詳しくお知らせください。具体的な解析内容については、お客様とご相談の上決定させていただきますので、お気軽にお問い合わせください。
  • その他一般的なご依頼・ご相談手順についてはこちらをご覧ください。
  • ご相談の内容に基づき、費用・納期等をお知らせします。
  • お見積り内容にご承諾いただけましたら、契約手続きに入らせていただきます。