業務案内

  1. Home
  2. 業務案内
  3. オミクス解析
  4. Affymetrix 遺伝子発現解析

Affymetrix 遺伝子発現解析

  1. 受託解析内容(3’IVT)
  2. 受託解析内容(Gene ST Array)
  3. FFPEサンプル

受託解析内容(Gene ST Array)

 

特徴

■全遺伝子領域でのプローブ設計

 一部3’IVT Arrayのプローブと重複しながら、転写産物の全領域でプローブ設計(1遺伝子あたり約26プローブ)を行っています。そのため、3’IVT Arrayよりもバイアスが少なく遺伝子発現の全体像を捕らえることができます。

  • 図 Gene ST Arrayのプローブ位置イメージ
    図 Gene ST Arrayのプローブ位置イメージ
■シンプルで解析しやすいデータのご提供

 Gene ST Arrayで得られた画像データは、数値化において遺伝子毎に1つの発現値にまとめられるため、非常にシンプルで解析しやすいデータが得られます。

ページの先頭へ戻る

サービス内容

 以下のような流れで受託解析を実施します。基本メニューとしてはお客様からtotal RNAをご送付いただくことからスタートします。

  • 受託解析の流れ
    受託解析の流れ

【受託解析の流れ】

RNA品質検定
  • 微量分光光度計によるRNA濃度の測定
  • バイオアナライザによるRNA品質の確認
マイクロアレイ実験
  • ラベル化cDNAの合成
  • cRNA、cDNAの濃度確認
  • 目的とするGeneChip® アレイとのハイブリダイゼーション
  • 洗浄/染色/スキャニング
データ解析
  • 数値化、簡易解析(変動遺伝子リスト作成)
  • データマイニング(オプションとして様々なメニューをご用意しています)
ページの先頭へ戻る

納品物 / 納期

報告書(印刷物)以外に、以下のデータを電子ファイルとして納品します。なお、報告書には方法、結果(考察)を含みます。

納品物 (1)解析結果報告書(ハードコピー) 
(2)RNA品質検定結果(Excel及びPDFファイル)
(3)画像データ(TIFFファイル)*
(4)数値化データ(Textファイル)
(5)QCレポート結果(Textファイル)
納期 約3週間(サンプル受領から)

サンプル

以下の条件に合ったtotal RNAサンプルをご準備ください。

種類 total RNA(カラムフィルターで精製)
サンプル量 500 ng以上
濃度 20 ng/μL以上(推奨;100 ng/μL以上)
溶媒 Nuclease Free水(DEPC水不可
A260/A280 1.8以上
A260/A230 1.5以上
RIN※ 5.0〜7.0以上

※RIN;RNA Integrity Numberの略であり、RNAの分解度を1〜10で数値化したもの。
10に近いほど分解していないRNAを表す。

*サンプルは返却しませんので、必要量をお送りください。
*上記基準に満たない場合はご相談ください。
*ヒト臨床サンプルの場合、HIV、HCV等感染性のあるサンプルは受領できません。
*組織・細胞等からのtotal RNA精製も承ります。お気軽にお問い合わせください。

ページの先頭へ戻る

価格

 本解析の価格に関しましては、本機構までお問い合わせください。

 お問い合わせ先はこちら

お申し込み方法

  • ご依頼の目的など、こちらのフォームより可能な限り詳しくお知らせください。具体的な解析内容については、お客様とご相談の上決定させていただきますので、お気軽にお問い合わせください。
  • その他一般的なご依頼・ご相談手順についてはこちらをご覧ください。
  • ご相談の内容に基づき、費用・納期等をお知らせします。
  • お見積り内容にご承諾いただけましたら、契約手続きに入らせていただきます。
  • その後、サンプルを本機構までご送付ください。サンプルの送付方法についてはこちらを参考にしてください。
    なお、土日祝祭日はサンプルの受け取りができませんので、平日の9時から17時に本機構着となりますように、冷凍(ドライアイス同梱)にてお送りください。
ページの先頭へ戻る

反応の流れ(検出原理)

 WT Sense Target Labeling Assay はmRNA全体からビオチンラベル化したセンス鎖DNAを増幅させるキットを用いて行います。1stステップでtotal RNA 100 ng以上からT7プロモーター配列及びランダムヘキサマータグをもつ2本鎖cDNA合成を行い、その後、cDNAを鋳型にcRNAの合成を行います。2ndステップでcRNAを鋳型にランダムプライマーから逆転写反応により1本鎖cDNAを合成し、断片化・ビオチンラベル化を行います。

測定可能なアレイ(2011年1月現在)

表 Gene ST Array 一覧
(Affymetrix社HP「Whole-Transcript Expression Analysis」より)
動物
生物種 学名 アレイ
ヒト Homo Sapiens Human Gene ST Array
マウス Mus musculus Mouse Gene ST Array
ラット Rattus norvegicus Rat Gene ST Array