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CERIのプロテオーム解析

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特徴

 

 本機構は、SDS-PAGE、二次元電気泳動等を用いた各種タンパク質の測定から、高精度なプロテオーム解析まで実施しています。

プロテオーム解析 基本メニュー

  1. タンパク質の抽出(ホモジナイズ、超音波処理)
    対応可能な試料(動物組織、酵母、大腸菌、培養細胞、植物組織など)。タンパク質の局在解析のためのオルガネラ(核、ミトコンドリア等)等の分画も可能です。
  2. タンパク質定量(Bradford 法、Lowry 法)
    試料中に含まれる塩類により測定が困難な試料に関しては、脱塩処理後にタンパク質定量を実施します。
  3. SDS-PAGE、二次元電気泳動によるタンパク質の分離
    SDS-PAGE: ドデシル硫酸ナトリウム・ポリアクリルアミドゲル電気泳動
  4. 2D-DIGE タンパク質の分離
    2D-DIGE: 2-D Fluorescence Difference Gel Electrophoresis
    (蛍光標識二次元ディファレンスゲル電気泳動解析)
  5. LC-MS/MSによるタンパク質の同定
    LC-MS/MS: 液体クロマトグラフィー・タンデム質量分析法
  6. LC-MS/MS による一斉同定とノンラベル定量解析
  7. RI標識化合物を使用した各種測定、解析
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プロテオーム解析の特徴

 本機構では、国内で最も早い時期からプロテオーム解析に取り組み、既に10年以上の解析経験を積んでいます。これまでに培ったプロテオーム解析のノウハウに加えて、本機構でプロテオーム解析用に特別に開発した500 mmの超ロングnanoLCカラムとQ-Exactive Plus(Thermo Fisher Scientific社)の組合せで世界最高レベルのショットガン解析を提供しています。また、プロテオーム解析のもう一つの柱である2D-DIGE(Two-Dimensional Fluorescence Difference Gel Electrophoresis)法*を用いたタンパク質発現解析は、抗体医薬やワクチンの品質管理への応用が注目されるようになってきています。
 ショットガン解析と2D-DIGEの組合せによる発現量が非常に少ないタンパク質(血中のマーカー探索)の解析は強力な研究ツールとなりつつあります。本機構のプロテオーム解析ノウハウ、nanoLCカラム、Q-Exactive Plusと2D-DIGEにより、新しいプロテオーム解析が可能になります。

 

Orbitrapは、高周波や強磁場を必要としないイオントラップ型質量計で、高い分解能(最大分解能140,000)と安定した質量精度を特徴としています。Q-Exactive Plusは、このOrbitrapと四重極型質量計のハイブリッド型ベンチトップFTMSです。四重極とOrbitrapの組合せで定量解析と構造確認を同時に行うことを目的に設計されています。

Q-Exactive Plus

L-column シリーズは、独自のエンドキャッピング技術により、シラノール基や金属不純物の二次的相互作用を抑え、カラム本来の分離機構を追及したカラムで、プロテオーム解析で解析する複雑なペプチド混合物の分離に優れた性能を示します。

L-column2 ODS

 

 * 本機構は、2D-DIGE (GE Healthcare社)の正式なサービスプロバイダです。
http://www.gelifesciences.co.jp/technologies/ettan_dige/index.asp
(2D-DIGE is performed under license from Carnegie Mellon University under U.S. Patent Numbers 5,268,486; 6,048,983; 6,127,134; 6,043,025; 6,426,190 and related patents.)
■LC-MS/MSによるタンパク質の同定、ショットガン解析、定量解析

 本機構は、2014年5月に新規質量分析装置としてQ-Exactive Plus(Thermo Fisher Scientific Inc.)を導入し、SDS-PAGEや二次元電気泳動で分離したサンプル中におけるアトモルレベルのタンパク質の同定が可能になりました。また、血液、各種生体組織サンプル中のタンパク質混合物をショットガン解析する場合には、数マイクロgのタンパク質から数千タンパク質規模での同定、iTRAQ、SILAC等の安定同位体ラベルを使用した定量比較解析が可能です。
 さらに、リン酸化、アセチル化等の翻訳後修飾タンパク質、アフィニティ精製や免疫沈降で精製したタンパク質混合物等の一斉同定や定量比較解析にも対応しています。

■二次元電気泳動(2D-DIGE)によるディファレンシャル解析

 タンパク質の発現量の定量比較解析(ディファレンシャル解析)は、プロテオーム解析の基本となる技術です。これまで二次元電気泳動を用いた解析では、その再現性の悪さや多くの煩雑な操作が必要であるといった問題点が指摘されてきました。しかし、本機構で採用しているタンパク質ディファレンシャル解析手法である2D-DIGEは、これらの問題点を解決した正確な定量比較が可能であるばかりでなく大量のサンプルを処理可能なハイスループットなプロテオーム解析の手法です。
 通常、試験はn=3で実施し統計処理により有意な変動のあるスポットを検出しますが、より安価に比較解析を実施したいというご要望にお応えして、2サンプルをn=1で比較する簡易試験(統計解析は実施しませんが、サンプル間の検出された全スポットの容積比をご報告いたします。)を開始しました。

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お申し込み方法

  ご依頼の目的など、こちらのフォームより可能な限り詳しくお知らせください。具体的な解析内容については、お客様とご相談の上決定させていただきますので、お気軽にお問い合わせください。