概要/特徴
概要
本受託解析は、RNAサンプルまたは対象組織や細胞を当機構にお送りいただくだけで、Agilent社のmiRNAマイクロアレイを使用して網羅的に発現解析を行い、高品質なmiRNAアレイデータをご提供するものです。
特徴
- matureなmiRNAを特異的かつ高感度に検出
プローブのヘアピンキャップ構造により、pre-, pri-miRNAのハイブリダイズを抑え、matureなmiRNAを特異的に検出できます。詳しくは「反応の流れ」をご参照ください。 - 微量のtotal RNA（100 ng）から解析可能
miRNA Complete Labeling Reagent and Hyb Kitの使用により、100 ngのtotal RNAからアレイ実験が可能です。 - 経済的な8パックアレイ
miRNA発現解析アレイは60-mer SurePrint技術でプリントした 8x15Kスライドフォーマットでの解析となります。
サービス内容
以下のような流れで受託解析を実施します。基本メニューとしてはお客様からtotal RNAをご送付いただくことからスタートします。
| RNA品質検定 | 微量分光光度計によるRNA濃度の測定 バイオアナライザによるRNA品質の確認 |
|---|---|
| マイクロアレイ実験 | ラベル化cRNAの合成 目的とするマイクロアレイとのハイブリダイゼーション 洗浄/スキャニング |
| データ解析 | 数値化、簡易解析（変動遺伝子リスト作成） |
納品物 / 納期
報告書(印刷物)以外に、以下のデータを電子ファイルとして納品いたします。なお、報告書には方法、結果(考察)を含みます。
| 納品物 | （１）解析結果報告書(ハードコピー) （２）RNA品質検定結果（ExcelおよびPDFファイル） （３）画像データ（TIFFファイル）* （４）数値化データ(Textファイル） （５）QCレポート結果(Textファイル） |
|---|---|
| 納期 | 約3週間（サンプル受領から） |
*ご依頼内容によってはお渡しできない場合もあります
サンプル
以下の条件に合ったtotal RNAサンプルをご準備ください。
| 種類 | total RNA（カラムフィルターで精製）* |
|---|---|
| サンプル量 | 300 ng以上 |
| 濃度 | 100 ng/μL以上 |
| 溶媒 | Nuclease Free水（DEPC水不可） |
| A260/A280 | 1.8以上 |
| A260/A230 | 1.5以上 |
*miRNA解析用total RNAの精製にはmiRNeasy mini kit (QIAGEN)等をご使用ください。
サンプルは返却しませんので、必要量をお送りください。
上記基準に満たない場合はご相談ください。
ヒト臨床サンプルの場合、HIV、HCV等感染性のあるサンプルは受領できません。
組織・細胞等からのtotal RNA精製も承ります。お気軽にお問い合わせください。
価格
本解析の価格に関しましては、当機構までお問い合わせください。
お問い合わせ先はこちら。
お申し込み方法
- ご依頼の目的など、こちらのフォームより可能な限り詳しくお知らせください。具体的な解析内容については、お客様とご相談の上決定させていただきますので、お気軽にお問い合わせください。
- その他一般的なご依頼・ご相談手順についてはこちらをご覧ください。
- ご相談の内容に基づき、費用・納期等をお知らせします。
- お見積もり内容にご承諾いただけましたら、契約手続きに入らせていただきます。
- その後、サンプルを当機構までご送付ください。サンプルの送付方法についてはこちらを参考にしてください。
なお、土日祝祭日はサンプルの受け取りができませんので、平日の9時から17時に当機構着となりますように、冷凍（ドライアイス同梱）にてお送りください。
検出原理
まず、miRNAを含むtotal RNAをCIP(Calf Intestinal Phosphate)を用いて、脱リン酸化します。その後、T4 RNA Ligaseの働きによりCy3-pCpを5’末端に１分子のみ結合させてラベル化miRNAを合成し、ハイブリダイズを行います。
Agilent社のmiRNAマイクロアレイのプローブはmiRNAの相補的配列（Hybridization sequence）とヘアピンキャップ配列（extended hairpin）からなっています。ヘアピンキャップ構造の存在により、pre-miRNAやpri-miRNAはハイブリダイズできず、matureなmiRNAのみがハイブリダイズすることができ、miRNAの特異的で高感度な検出が可能です。
測定可能なアレイ（2011年1月現在）
表 miRNA発現解析用マイクロアレイ一覧（Agilent社HP「miRNA用カタログ」より）
| 生物種（学名） | miRBase ver. | 16.0 | 15.0 | 14.0 | 12.0 | 10.1 | 9.1 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Human (Homo sapiens) | mature miRNA数 | 1223 | 1100 | 904 | 866 | 733 | 470 |
| マイクロアレイ | (8×60K予定) 近日発売 | – | 8×15K Rel.14.0 | 8×15K Rel.12.0 | 8×15K Rel.10.1 | 8×15K Rel.9.1 | |
| Mouse (Mus musculus) | mature miRNA数 | 1055 | 717 | 710 | 627 | 579 | – |
| マイクロアレイ | 近日発売 | 8×15K Rel.15.0 | 8×15K Rel.14.0 | 8×15K Rel.12.0 | 8×15K Rel.10.1 | – | |
| Rat (Rattus norvegicus) | mature miRNA数 | 680 | 387 | 388 | 350 | 351 | – |
| マイクロアレイ | 近日発売 | 8×15K Rel.15.0 | – | – | 8×15K Rel.10.1 | – |
