受託解析内容（3‘IVT）
概要 / 特徴
概要
本受託解析は、RNAサンプルまたは対象組織や細胞を当機構にお送りいただくだけで、Life Technologies Corp.のGeneChipアレイを使用し、網羅的に遺伝子発現解析を行い、高品質なデータをご提供するものです。
| 目的 | 項目 |
|---|---|
| ・これまでGeneChipデータをお使いの方 ・ヒト・マウス・ラット以外の生物種で解析を行いたい方 | 3’IVT Array |
| ・初めて遺伝子発現解析を行う方 ・3’IVT arrayよりもシンプルなデータを取得したい方 | Gene ST Array |
特徴
- 世界で多くの研究者に使用されているアレイ
アレイとしての歴史が古く、多くのデータが取得されています。
論文や公共データベースなどにもデータがあるため、過去のデータと比較されたい時にお勧めです。 - 高品質で高い再現性
GeneChip®アレイはフォトリソグラフィーとコンビナトリアル・ケミストリーを組み合わせた、Life Technologies Corp.独自の安定性の高い方法で製造しています。 - 独自のアルゴリズムによる検出
Perfect Match（PM）プローブによる完全な相補的配列の検出データと、Mismatch（MM）プローブによる非特異的な結合の検出データを統計的に処理することでノイズデータを除去できます。 - 少量サンプルからの解析も可能
3′ IVT Express Kitにより、少量サンプル（50 ng以上）からでも高品質でゲノムワイドなデータを取得できます。 - 3’IVT Expression Arrayを使用
mRNAの3’側エクソン領域でプローブ設計を行った3’IVT Expression Arrayを用いて解析を行います。
CERIでは
- 豊富なGeneChip®アレイ解析の実績
2001年度よりさまざまな遺伝子発現解析のプロジェクトに参画し、豊富な実績を有しています。 - 高精度に管理された実験環境
HEPAフィルタークリーンブースにおいて、クリーン度の高い環境下で作業しています。塵等によるアレイ測定への影響、光によるシグナルの退色の心配はありません。 - 高いアレイ実験技術・データの精度
アレイ解析技術の高さから、高いリピート率でオーダーをいただいています。
サービス内容
以下のような流れで受託解析を実施します。基本メニューとしてはお客様からtotal RNAをご送付いただくことからスタートします。
| RNA品質検定 | 微量分光光度計によるRNA濃度の測定 バイオアナライザによるRNA品質の確認 |
|---|---|
| マイクロアレイ実験 | ラベル化cRNAの合成 ラベル化cRNAの濃度確認 目的とするGeneChip®アレイとのハイブリダイゼーション 洗浄/染色/スキャニング |
| データ解析 | 数値化、簡易解析（変動遺伝子リスト作成） データマイニング(オプションとしてさまざまなメニューをご用意しています) |
納品物 / 納期
報告書(印刷物)以外に、以下のデータを電子ファイルとして納品します。なお、報告書には方法、結果(考察)を含みます。
| 納品物 | （１）解析結果報告書(ハードコピー) （２）RNA品質検定結果(ExcelおよびPDFファイル) （３）画像データ（TIFFファイル） （４）数値化データ(Textファイル） （５）QCレポート結果(Textファイル） |
|---|---|
| 納期 | 約3週間（サンプル受領から） |
サンプル
以下の条件に合ったtotal RNAサンプルをご準備ください。
| 種類 | total RNA（カラムフィルターで精製） |
|---|---|
| サンプル量 | 500 ng以上 |
| 濃度 | 20 ng/μL以上（推奨；100 ng/ μL以上） |
| 溶媒 | Nuclease Free水（DEPC水不可） |
| A260/A280 | 1.8以上 |
| A260/A230 | 1.5以上 |
| RIN* | 5.0～7.0以上 |
*RIN；RNA Integrity Numberの略であり、RNAの分解度を1～10で数値化したもの。
10に近いほど分解していないRNAを表す。
サンプルは返却しませんので、必要量をお送りください。
上記基準に満たない場合はご相談ください。
ヒト臨床サンプルの場合、HIV、HCV等感染性のあるサンプルは受領できません。
組織・細胞等からのtotal RNA精製も承ります。お気軽にお問い合わせください。
価格
本解析の価格に関しましては、当機構までお問い合わせください。
お問い合わせ先はこちら。
お申し込み方法
- ご依頼の目的など、こちらのフォームより可能な限り詳しくお知らせください。具体的な解析内容については、お客様とご相談の上決定させていただきますので、お気軽にお問い合わせください。
- その他一般的なご依頼・ご相談手順についてはこちらをご覧ください。
- ご相談の内容に基づき、費用・納期等をお知らせします。
- お見積もり内容にご承諾いただけましたら、契約手続きに入らせていただきます。
- その後、サンプルを当機構までご送付ください。サンプルの送付方法についてはこちらを参考にしてください。
なお、土日祝祭日はサンプルの受け取りができませんので、平日の9時から17時に当機構着となりますように、冷凍（ドライアイス同梱）にてお送りください。
受託解析内容（Gene ST Array）
特徴
全遺伝子領域でのプローブ設計
一部3’IVT Arrayのプローブと重複しながら、転写産物の全領域でプローブ設計（1遺伝子あたり約26プローブ）を行っています。そのため、3’IVT Arrayよりもバイアスが少なく遺伝子発現の全体像を捕らえることができます。
シンプルで解析しやすいデータのご提供
Gene ST Arrayで得られた画像データは、数値化において遺伝子毎に1つの発現値にまとめられるため、非常にシンプルで解析しやすいデータが得られます。
サービス内容
以下のような流れで受託解析を実施します。基本メニューとしてはお客様からtotal RNAをご送付いただくことからスタートします。
| RNA品質検定 | 微量分光光度計によるRNA濃度の測定 バイオアナライザによるRNA品質の確認 |
|---|---|
| マイクロアレイ実験 | ラベル化cDNAの合成 cRNA、cDNAの濃度確認 目的とするGeneChip® アレイとのハイブリダイゼーション 洗浄/染色/スキャニング |
| データ解析 | 数値化、簡易解析（変動遺伝子リスト作成） データマイニング(オプションとしてさまざまなメニューをご用意しています) |
納品物 / 納期
報告書(印刷物)以外に、以下のデータを電子ファイルとして納品します。なお、報告書には方法、結果(考察)を含みます。
| 納品物 | （１）解析結果報告書(ハードコピー) （２）RNA品質検定結果(ExcelおよびPDFファイル) （３）画像データ（TIFFファイル）* （４）数値化データ(Textファイル） （５）QCレポート結果(Textファイル） |
|---|---|
| 納期 | 約3週間（サンプル受領から） |
サンプル
以下の条件に合ったtotal RNAサンプルをご準備ください。
| 種類 | total RNA（カラムフィルターで精製） |
|---|---|
| サンプル量 | 500 ng以上 |
| 濃度 | 20 ng/μL以上（推奨；100 ng/μL以上） |
| 溶媒 | Nuclease Free水（DEPC水不可） |
| A260/A280 | 1.8以上 |
| A260/A230 | 1.5以上 |
| RIN* | 5.0～7.0以上 |
*RIN；RNA Integrity Numberの略であり、RNAの分解度を1～10で数値化したもの。
10に近いほど分解していないRNAを表す。
サンプルは返却しませんので、必要量をお送りください。
上記基準に満たない場合はご相談ください。
ヒト臨床サンプルの場合、HIV、HCV等感染性のあるサンプルは受領できません。
組織・細胞等からのtotal RNA精製も承ります。お気軽にお問い合わせください。
価格
本解析の価格に関しましては、当機構までお問い合わせください。
お問い合わせ先はこちら。
お申し込み方法
- ご依頼の目的など、こちらのフォームより可能な限り詳しくお知らせください。具体的な解析内容については、お客様とご相談の上決定させていただきますので、お気軽にお問い合わせください。
- その他一般的なご依頼・ご相談手順についてはこちらをご覧ください。
- ご相談の内容に基づき、費用・納期等をお知らせします。
- お見積もり内容にご承諾いただけましたら、契約手続きに入らせていただきます。
- その後、サンプルを当機構までご送付ください。サンプルの送付方法についてはこちらを参考にしてください。
なお、土日祝祭日はサンプルの受け取りができませんので、平日の9時から17時に当機構着となりますように、冷凍（ドライアイス同梱）にてお送りください。
